Órgão de administração da FCEE de deliberação coletiva constituído pelo Secretário de Estado da Educação, seu presidente, pelo Secretário de Estado da Saúde, pelo Secretário de Estado da Administração, pelo Secretário de Estado da Fazenda, pelo Secretário de Estado da Assistência Social, Trabalho e Habitação, e pelo presidente da Fundação, que é o Secretário Executivo do Conselho, todos nomeados pelo Governador do Estado. Reúne-se ordinariamente a cada ano e extraordinariamente quando convocado por seu presidente.

Tem como competências:
I - examinar e aprovar o plano de trabalho da Fundação, o orçamento e o plano de aplicação dos recursos, o relatório anual de atividades, o balanço geral da Fundação, o estatuto e o regimento interno da Fundação;
II - propor o quadro de pessoal e o plano de classificação de cargos e vencimentos, bem como as respectivas alterações, submetendo-os à aprovação do órgão superior competente;
III - encaminhar ao Conselho Curador, dentro do prazo estipulado, o relatório anual das atividades, a prestação de contas e o balanço geral do exercício anterior, elaborados pela Diretoria da Fundação, acompanhados do parecer, subscrito por todos os seus membros, com a consignação expressa dos respectivos votos;
IV - propor a exoneração e dar posse aos membros da Diretoria;
V - deliberar sobre a guarda, aplicação e movimentação dos bens da FCEE;
VI - deliberar sobre a incorporação de bens, móveis e imóveis e direitos que forem transferidos sem ônus, ao patrimônio da Fundação, em caráter definitivo;
VII - definir a aplicação dos recursos de que trata a Lei Complementar n° 40, de 7 de outubro de 1991, sendo que 25% (vinte cinco por cento) dos mesmos serão necessariamente destinados à folha de pagamento do pessoal da Fundação, incluindo a reserva técnica;
VIII - analisar outras matérias de interesse da Fundação.
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