Objetivos da FCEE, de acordo com a Lei Complementar nº 381, de 07 de maio de 2007 (atualizada pela LC 534, de 20/04/2011):

Art. 97 - À Fundação Catarinense de Educação Especial (FCEE) compete:

I - desenvolver, em articulação com as Secretarias de Estado de Desenvolvimento Regional, a política estadual de educação especial e de atendimento à pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades;

II - fomentar, produzir e difundir o conhecimento científico e tecnológico na área de educação especial;

III - formular políticas para promover a inclusão social da pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades;

IV - prestar, direta ou indiretamente, assistência técnica a entidades públicas ou privadas que mantenham qualquer vinculação com a pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades;

V - promover, em parceria com as Secretarias de Estado e as Secretarias de Estado de Desenvolvimento Regional, a articulação entre as entidades públicas e privadas para formulação, elaboração e execução de programas, projetos e serviços integrados, com vistas ao desenvolvimento permanente do atendimento à pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades; 

VI - auxiliar, orientar e acompanhar as Secretarias de Estado de Desenvolvimento Regional na execução das atividades relacionadas com a prevenção, assistência e inclusão da pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades;

VII - planejar e executar em articulação com as Secretarias de Estado, as Secretarias de Estado de Desenvolvimento Regional e Secretarias Municipais, a capacitação de recursos humanos com vistas ao aperfeiçoamento dos profissionais que atuam com a pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades. 

VIII - realizar atendimento especializado à pessoa com deficiência, condutas típicas e altas habilidades em seu Campus, através dos Centros de Atendimento Especializado, para o desenvolvimento de pesquisas em tecnologias assistivas e metodologias, com vistas à aplicação nos programas pedagógico, profissionalizante, reabilitatório e programa socioassistencial, prevenção e avaliação diagnóstica, que subsidiem os serviços de educação especial no Estado de Santa Catarina.